O Colégio João Lyra Filho mantém diversos convênios e parcerias que visam proporcionar melhores condições, menores custos e praticidade aos seus alunos e familiares. Dentre eles podemos citar:

Sistema Positivo de Ensino

Sistema de ensino moderno e atualizado que resume o conteúdo de toda matriz curricular em quatro livros bimestrais, proporcionando custo baixo e grandes benefícios em termos de qualificação do conteúdo. Este sistema de ensino é realizado por mais de 1.000 escolas em todo o país, além de ser utilizado também no Uruguai, Argentina, Japão, entre outros.

Edutec - Tecnologia em Informática

Essa parceria proporciona softwares atualizados, acesso mais rápido à internet, e suporte para toda parte de informática do Colégio.